В начале 1994 года Азербайджан предпринял еще одну попытку овладеть ситуацией, активизировав наступательные действия по всему фронту. Тяжелые бои развернулись от высокогорного Омарского перевала до Аракса. Невзирая на огромные потери, противник не отказывался от своих планов. Выдержав оборону и проведя ряд успешных контрнаступательных операций, войска НКР в начале февраля приступили к ликвидации баз противника в зоне Омарского перевала.

18 февраля северный участок, включая Омарский перевал, полностью перешел под контроль карабахских сил. Тем самым Кельбаджарский район целиком был занят войсками Армии Обороны НКР.
В конце февраля и начале марта основные бои разворачивались на юго-восточном участке фронта в направлении Горадиза. Войска противника при поддержке бронетанковых сил, артиллерии и авиации пытались лобовым ударом прорвать оборону карабахцев и продвинуться к Физули. Однако последним не только удалось отстоять свои позиции, но и на ряде участков перейти в наступление.
10 апреля в ходе контрнаступательных действий на северо-восточном фронте вооруженные силы НКР заняли ряд стратегических высот на участке Гюлистан – Талиш. В середине апреля Армия Обороны Нагорного Карабаха освободила армянские села Талиш, Чайлу, Мадагис и Левонарх. Успех сопутствовал карабахским войскам и на юго-восточном направлении фронта. К этому времени им удалось взять под свой контроль магистраль Агдам-Барда.
Военные поражения вынудили Азербайджан принять предложение Российской Федерации о перемирии. 5 мая при посредничестве России, Киргизии и Межпарламентской Ассамблеи СНГ в столице Киргизии Бишкеке Азербайджан, Нагорный Карабах и Армения подписали протокол, вошедший в историю урегулирования карабахского конфликта как Бишкекский, на основании которого была достигнута договоренность о прекращении огня. 16 мая в Москве состоялась встреча министра обороны Армении Сержа Саркисяна, министра обороны Азербайджана Мамедраффи Мамедова и командующего Армией Обороны НКР Самвела Бабаяна, на которой была подтверждена приверженность сторон ранее достигнутой договоренности о прекращении огня . Был также подготовлен документ - “Договоренность о порядке реализации Протокола от 18 февраля 1994 г.”, предусматривающий разведение карабахских и азербайджанских войск, создание буферной зоны между сторонами и ввод в нее миротворческих сил. Под документом свои подписи поставили министры обороны Российской Федерации и Армении Павел Грачев и Серж Саркисян, командующий Армией Обороны НКР Самвел Бабаян. Однако министр обороны Азербайджана Мамедраффи Мамедов под документом не подписался – его в срочном порядке отозвали в Баку. Несмотря на это, в зоне нагорно-карабахского конфликта наступило длительное перемирие.